In biserica se pastreaza moastele Sfantului Ioan cel Nou, martirizat in Cetatea Alba (la sud de Republica Moldova, adica in Ucraina de azi) pe la anul 1332, care au fost aduse la Suceava in 1402 (sau 1415 – istoricii nu sunt siguri) de Alexandru cel Bun si asezate, la inceput in biserica Mirauti din apropiere (pe atunci inca nu era construita biserica Manastirii Sfantul Ioan), iar apoi au fost aduse in aceasta biserica de catre Voievodul Petru Schiopul in 1589. Biserica este construita in stilul bisericilor lui Stefan cel Mare, in plan triconc. Are pridvor, pronaos, naos si altar. Inainte de a intra in biserica voievodala. Se trece printr-un pridvoras, construit prin osardia mitropolitului Veniamin Costachi in anul 1837.
Biserica este inconjurata de contraforturi: patru incadreaza absidele laterale, doua proptesc arcul median al peretilor pronaosului si doua sunt amplasate la colturile pridvorului, un picior de contrafort a fost amplasat in axul absidei altarului. Sub cornisa, pe peretele de vest al cladirii, apare un sir de ocnite, iar pe cei dinspre nord, sud si rasarit apar doua siruri de ocnite egale ca dimensiuni. Firidele alungite incadreaza, ca si la Biserica Inaltarii de la Neamt, fetele absidelor. Forma originara a ferestrelor a fost in decursul vremii modificata. Deasupra bisericii se inalta pe doua baze stelate suprapuse o frumoasa turla octogonala incadrata de patru contraforturi. Spre cele patru directii cardinale sunt amplasate ferestre. Intre elementele arhitecturale decorative ale turlei se disting ocnite si discuri smaltuite, cu bumb la mijloc, diferit colorate.
Biserica a fost pictata in interior si exterior in 1534, in timpul domniei Voievodului Petru Rares. Numele mesterilor nu se cunoaste. Pictura a fost executata in fresca, dupa heumeneutica bizantina. Ea a fost curatata de fum si reimprospatata in anii 1906-1909, de pictorul Iohann Viertelberger. O noua restaurare a picturii s-a inceput in anul 2001, in prezent (octombrie 2007) lucrarile apropiindu-se de final.
